当初恢复对储蓄存款征收利息税始于1999年。当年8月30日，九届人大常委会第十一次会议通过了《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》，决定把《个人所得税法》中的第四条“下列各项个人所得，免纳个人所得税”的第二款中的“储蓄存款利息”删去，并增加一条“对储蓄存款利息所得征收个人所得税的开征时间和征收办法由国务院规定”作为第十二条。后来，国务院令发布了《对储蓄存款利息所得征收个人所得税的实施办法》，宣布自1999年11月1起恢复对储蓄存款利息征收20%的个人所得税。

　　财政部财科所有关专家进一步向记者分析指出，对于利息税而言，“取消”就等同于“废除”，相当于是对《个人所得税法》的修改，这是要经过人大立法程序决定的。他同时指出，当初国务院仅被授权“开征时间”和“征收办法”，并没有授权“何时停征”，因此，对于“停征”（暂时不征）利息税，国务院不能越权，同样需要经过人大立法程序。

　　事实上，在第九届全国人大常委会通过《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》前，国务院于1999年8月24日在第九届全国人大常委会上向全国人大常委会提交议案，提请审议《个人所得税法修正案（草案）》。同时，受国务院委托，当时的财政部部长项怀诚就这个草案作说明时表示，为扩大内需，鼓励消费和投资，为了引导居民消费和个人投资，调节个人收入，增加财政收入以解决低收入者的生活保障，扩大内需，有必要对储蓄存款利息所得征收个人所得税。

　　全国人大法律委员会于1999年8月26日召开会议，根据常委会委员和财经委员会的审议意见，对个人所得税法修正案（草案）进行了审议。法律委员会建议全国人大常委会同意国务院修正案（草案）提出的删去现行个人所得税法中对储蓄存款利息所得免征所得税的规定，同时建议增加规定，开征时间和征收办法由国务院规定。并提出了《全国人民代表大会常务委员会关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定（草案）》，建议常委会会议审议通过。

　　对于立法程序问题，权威专家告诉记者，通常是国务院指定财政部起草议案，经国务院法制办审核后由全国人大法委会和全国人大财经委共同审议，讨论提出意见，最后由全国人大常委会决定是否通过。如果人大常委会不能决定的最终由全国人大决定。

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